CGI 和指令行設定
預設為將 PHP 編譯為 CGI 程式。這將建立一個指令行直譯器，可用於 CGI 處理或非 web 關聯的 PHP 腳本。若果會員運行著一個 PHP 模組支援的 web 伺服器，那通常為效能考慮應該使用模組模式。不過，CGI 版可以使 Apache 會員用不同的會員 ID 運行不同的 PHP 頁面。
| 警示 |
若果使用 CGI 模式安裝，則伺服器對於某些可能的攻擊是開放的。請閱讀 CGI 安全一章以學習如何防禦這些攻擊。 |
自 PHP 4.3.0 起，PHP 有了一些重要的新增功能。又有了一個新的 SAPI 稱為 CLI，和 CGI 程式同名。根據配置選項它安裝在 {PREFIX}/bin/php，並在手冊中 PHP 的指令行模式一章中有詳細說明。更多細節請閱讀該章節。
測試
若果將 PHP 編譯為 CGI 程式，可以通過鍵入 make test 來測試你的編譯。測試一下編譯永遠是個好主意。這樣就可以在你的平台上及早捕捉到 PHP 的問題而不是以後再費力的解決。
基準測試
若果將 PHP 3 編譯為 CGI 程式，可以通過鍵入 make bench 來進行一下效能的基準測試。注意若果預設開啟了安全模式，則超過 30 秒的容許範圍測試可能不能完成。這是因為 set_time_limit() 不能用於安全模式。用 max_execution_time 配置選項來為你自己的腳本控制此時間限制。make bench 會忽略配置檔。
注: make bench 僅能用於 PHP 3。
使用變量
某些伺服器提供的環境變量沒有定義在現用的的 CGI/1.1 標準中。只有下列變量定義在其中：AUTH_TYPE，CONTENT_LENGTH，CONTENT_TYPE，GATEWAY_INTERFACE，PATH_INFO，PATH_TRANSLATED，QUERY_STRING，REMOTE_ADDR，REMOTE_HOST，REMOTE_IDENT，REMOTE_USER，REQUEST_METHOD，SCRIPT_NAME，SERVER_NAME，SERVER_PORT，SERVER_PROTOCOL 和 SERVER_SOFTWARE。其它的變量均作為「提供者增加（vendor extensions）」來對待。