中西醫之間由論爭發展到激烈對抗，主要是在民國時期，民國元年(1912年)學制改新，北洋政府屏中醫於學制之外，由此引發了中醫界首次的抗爭請願活動。國民政府奠都南京後，廢止中醫論者得到當局的支援，廢止中醫活動愈演愈烈。1928年全日教育會議上，汪企張首次提出廢止中醫案，未獲通過。翌年中央衛生委員會議上，由余雲岫提出的廢止中醫案獲得通過，成為民國時期大規模中醫抗爭運動的導火線。其後為設立中央國醫館，頒布《中醫條例》都引起中西醫雙方激烈的鬥爭，直至抗戰爆發才告一段落。
一、北洋政論時期爭取中醫教育合法化的請願
1918年7月，北洋政府舉行教育會談，參照日本學制，制訂了《王子癸丑學制》。1912年11月北洋政府教育部頒布了《醫學專門學校規程》。1913年1月，北洋政府教育部公佈了《大學規程》醫學、藥學兩門，完全沒有中醫藥學方面的規定，這就是民元的所謂教育系統「漏列」中醫事件。
首次請願活動，北洋政府教育部頒布法規後，引起了中醫界的警覺，有識之士紛紛譴責。首先提出抗議的是上海神州醫藥總合會長余伯陶(德塤)等人，該會還聯合了其它省市的中醫藥同業組織「醫藥救亡請願團」。至1813年10月已有19個省市的醫學團體響應此舉，並派代表參加。當時推舉的代表晉京請願。
二、國民政府時期的中醫抗爭運動
1929年2月23—26日，南京政府衛生部召開第一屆中央衛生委員會議，由衛生部副部長劉瑞恆主持。會上討論了有關廢止中醫藥的提案共四項，分別是：
1、中字第十四提案：《廢止舊醫以掃除醫事衛生之障礙案》。2、生字第二十二號提案：《統一醫士登入方法》。3、生字第三十六號提案，《制定中醫登記年限》。4、生字第四十二號提案：《擬請規定限制中醫生及中藥材之辦法案》其中，余雲岫提出的《廢止舊醫以掃除醫事衛生之障礙案》基本內含了後三項提案的內容。他在提案中提出了徹底消滅中醫的具體措施共六條。會上還議決將上述四項提案合併為《規定舊醫登記案原則》，委託衛生部施行：
甲．舊醫登記限至民國19年(1930年)底止。
乙．禁止舊學校。
丙．其餘如取締新聞雜誌等非科學之宣傳品及登記介紹舊醫等事由，衛生部盡力相機進行。
這就是中醫近代史上著名的「廢止中醫案」。
全國中醫藥界聯合請願，1929年2月26日，上海《新聞報》首先披露此事。訊息傳出，全國為之震動。上海市中醫協會首先發起召開上海市醫藥團體聯席會議，邀集神州醫藥總會、中華醫藥聯合會、上海中國醫學院、醫界春秋社等40餘個中醫藥團體的代表商討對策(PetitionReportofNationalMedicalandPharmaceuticalOrganizationsChronicleofMedicalField,1929,34:48.全國醫藥團體請願報告,醫界春秋，1929，(34)：48)。會上討論決定，組織上海醫藥團體聯合會以便採取統一行動，議決籌備召開全國醫藥團體代表大會，定會期為3月17日。1923年8月17日，全國醫藥團體代表大會假上海商會會場舉行開幕式。
為了表示對大會的支援和擁護，上海中醫、中藥界分別停業半天，藥店門前張貼許多醒目的標語，如「擁護中醫藥就是保持我國的國粹」、「取締中醫藥就是致病民的死命」、「反對衛生部取締中醫的決議案』等等。會場上懸掛著巨幅對聯「提倡中醫以防文化侵略」、「提倡中藥以防經濟侵略」。出席大會的有江蘇、浙江、安徽、江西、福建、廣東、廣西、湖南、湖北、四川、河南、河北、山東、山西等15省132個團體的代表共262人。大會還推舉陸仲安、隨翰英、蔡濟平、張梅庵等為主席團成員。請願問題，議決由執行委員會負責辦理。推選謝利恆、隨翰英、蔣文芳、陳存仁、張梅庵組成晉京請願團，張贊臣、岑志良為隨行秘書。分別向國民黨第三次全國代表大會、國民政府、行政院、立法院、衛生部、教育部等單位請願，要求還原廢止中醫提案。由於全國中醫界的據理力爭，迫使南京政府在強大的社會輿論面前作出讓步，不得不將廢止中醫案擱置起來。
然而這沒能使南京政府歧視和排擠中醫政策根本變化。1929年12月1日，全國醫藥團體總聯合會第一次臨時代表大會如期在上海舉行。出席者有17行省及香港、菲律賓等地區233個團體，457位代表會議歷時五天，群情激憤，提案有百餘項；經大會討論議決組織請願團(RecordsofFirstProvisionalNationalCongressandPetition.In:CompilationofBusinessRecordofnational.1931.45～56.全國醫藥團體總聯合會會務彙編，第一次臨時代表大會及請願情形,該會鉛印，1931：45～56)。
12月7日，請願團啟程入京請願，請求還原阻礙中醫藥發展的各項政令。全國醫藥總合於1929年12月領導組織的第二次大規模請願爭取到蔣氏手諭後，各地中醫藥同業歡欣萬分。
三、中央國醫館的成立
中醫藥界仍未擺脫危機四伏的險境。全國醫藥總合執委裘吉生、蔣文芳、蔡濟平等慮及此情，憂心如焚，認為癥結在於當局者對中國醫藥學內容不甚明瞭，遂決定具文呈請國府仿國術館設國醫館。經由多方努力，中央國醫館部衝破重重阻力，終於1931年3月17日宣告成立。國醫館理事會召開全體大會，推選陳立夫為理事長，推舉焦易堂為館長，陳郁、施今墨為副館長。後陳立夫以政務繁忙迭請辭職，7月21日常務理事會議決定准其所請，由彭養光代理理事長之職。該館成立之初，即延聘施今墨等學術整理委員，其任務是負責起草、制定中醫藥學校整理工作計劃及中醫藥學術標準等。
四、中醫藥抗爭運動的歷史意義
中醫藥的抗爭運動對近代中國醫藥界的盲目西化思潮起到了批判作用。從這一點來講，近代中醫抗爭運動具有弘揚中國傳統文化的重要意義。應當首先認識到，近代中國吸收西方文化完全是被迫的，是與近代中國的嚴重的民族危機聯繫在一起的，其前提是帝國主義把持著中國的命脈。民族虛無主義思潮的氾濫也是對這種歷史環境的一種反應。文化運動中，更有人提出要「剿滅」中國文化，廢除漢文，對中國傳統文化全盤否定，便是這種反應的顯例。中醫藥學是中國傳統文化的一個重要組成部分。因而，中醫藥界興起的旨在儲存中醫藥學，反對廢止的抗爭運動，無疑具有反對民族虛無主義的意義，並對糾正全盤否定中國傳統文化的錯誤傾向起了一定的積極作用，同時，也有效地抵制了帝國主義的醫藥文化侵略。
近代中醫藥抗爭運動從爆發時起，便己超出了醫學學術的範圍。近代中國，帝國主義列強通過借款給中國政府並在中國開設銀行，壟斷了中的金融和財政。因此，他們不但在商品競爭方面壓倒了中國的民族資本主義，而且在金融財政上扼住了中國的咽喉。北洋政府和南京政府都在實質上成為帝國主義國家在中國的代言人。他們也在制定法令、政策時看主子的臉色行事。提倡中醫藥學顯然不利於各帝國主義國家的醫藥產品壟斷國市場，因而帝國主義國家都拚命擴大各自的勢力範圍，通過開辦醫校、醫院實施經濟和文化侵略。近代中國的中醫藥從業人員數以十萬計，遍及全國各地。中藥材和成藥的銷售額，每年數以億元計，在經濟生活中佔有重要地位。中醫若廢，全國中醫藥從業人員內含中醫師、藥商、藥工、藥農便失去生計，政府也失去大筆利稅收入。同時，由於國產西藥無法滿足需要，只能大量依賴進口，增加貿易逆差，給中國經濟帶來沉重的負擔。中醫藥界有識之士對此有著清醒的認識，早在1929年即提出「提倡中藥以防經濟侵略」，所以說，近代中醫藥抗爭運動具有抵禦列強對中國經濟、文化侵略的深遠意義。
綜上所述，近代中醫抗爭運動，無論從儲存中國傳統文化遺產，反對民族虛無主義方面而言，抑或從抵制帝國主義經濟、文化侵略方面而言，都具有非常重要的意義。由此可見，中醫藥學能在近代中國得以生存發展，正是這場歷時數十年的抗爭運動努力的結果。
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