匯通思想的淵源，可以追溯到清初西學在中國的早期傳播。1890年李鴻章在為《萬國藥方》作序時提出，「倘學者合中西之說而會其通，以造於至精極微之境，與醫學豈曰小補！」他提出「合中西之說而會其通」的主張。
西洋醫學在我國廣泛傳播，引起了中醫界的普遍重視。一些中醫界的人士逐漸形成了中西醫匯通的思想和學派，對後世有較大的影響。代表人物有唐宗海、朱沛文、惲鐵樵、張錫鈍等。
1、唐宗海的「折衷歸於一是」
唐氏主要活動於19世紀後半葉，正處國難深重，內外矛盾日益激化，歐風東漸，西學在中國迅速傳播。他力主順乎潮流，成為我國中醫界明確提出「中西醫匯通」口號的第一人。他指出，「西醫亦有所長，中醫豈無所短……不存疆功能變數異同之見，但求折衷歸於一是。」（TangZongHaiEsseutialsofIntegratedTraditionalChineseandWesternMedicineShangjiang:YuhaiPublishingHouse,1894.唐宗海：《中西匯通醫經精義》，清光緒二十年甲午(1894)申江油海山房石印本２），其主張(1)「折衷歸於一是」建立盡善盡獎之醫學，(2)中西醫學原理相通，(3)重中輕西，厚古薄今。作為早期中西醫匯通的代表，篳路藍縷之功不可沒。《清朝續文獻通考》中說：「近代醫家，喜新者偏於西，泥古者偏於中，二者未將中外之書融合貫通，折衷至當。唐氏慨之，研精覃思，著此五種書，執柯伐柯，取則不遠。」正是當時對唐宗海的評價。
2、朱沛文的「華洋醫學各有是非」
朱沛文(約生於19世紀中期)，字少廉，著《華洋髒象約纂》一書(1892)，又名《中西臟腑圖像合纂》。他強調學習西醫的解剖知識，以彌補中醫學對人體結構缺乏細緻瞭解的不足，他對匯通中西醫學態度比較慎重，採取「通其可通，存其可異」，「不能強合」。
3、張錫純的「衷中參西」
張錫鈍在充分吸取前人見解的基礎上，不以中西之界橫亙胸中，在立足我國傳統醫學的根基上，「采西人之所長，以補吾人之所短（ZhangXichun.RecordsforintegrationofTraditionalChinessandWesternMedicine,BeiJing:People'sHealthPublishingHouse,1974,18.張錫純：醫學哀中參西錄，人民衛生出版社，1974：18３）」，確立了「衷中參西」的匯通原則。張錫純警重從臨證治療，特別是藥物治療上來溝通中西醫學。他為中西醫匯通提出了一條新的思路。
4、惲鐵樵的「新中醫」
惲鐵樵具有深厚的舊學根底，廣泛地接觸了中西文化，又通曉英語，這些使他有條件對中西醫學進行比較深入的研究，從事中西醫匯通的探索，提出一些獨特的見解。他在《傷寒論研究·總論》中強調指出：「居今日而言醫學改革，荀非與西洋醫學相周旋，更無第二途徑。」又說，「中醫而有演進之價值，必能吸收西醫之長，與之化合，以產生新中醫。」他認為：「中西醫之不同，乃由於中西文化之不同」。「是根本不同方法之兩種學說（YunTieqiaostudyonTreatiseonFebrilediseases.In:SecondvolumeofYao』an』scollectionofMedicalBooks.Page10andpage81.惲鐵樵：《藥庵醫學叢書》第二輯下《傷寒論研究》，10頁，81頁）」。
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